Depuis vingt ans, Galbadia, Balamb et les pays voisins vivent en paix. Les Gardens, trois grandes écoles militaires ont engendré la formation de plusieurs générations de mercenaires d'élite. Les groupes sociaux les plus vulnérables ont toujours eu recours à ces soldats appelés Seed, pour assurer leur protection en monnayant leurs services. Cette année, un groupe d'étudiants va passer une épreuve pour être promu Seed ; au même moment la guerre ressurgit avec violence et endeuille le monde...

Les troupes de Galbadia dirigées pas une prêtresse tout aussi malveillante que puissante, sèment la terreur et la désolation partout où elles passent. Squall et ses amis, le groupe d'étudiants de la nouvelle promotion vont tenter d'arrêter cette guerre. Mais ce qu'ils vont découvrir au cours de leur aventure est bien plus terrible que la guerre elle-même... Pour eux, le bien se mélangera au mal et les amis aux ennemis... Ces jeunes Seed vont connaître une de ces aventures qui transforme un homme pour toujours… un monde aussi…