Spira. Un monde autrefois florissant, habité par une civilisation avancée prônant l'utilisation des machines.
Puis Sin arriva, il y a mille ans. Cette menace immortelle créa un cycle de destruction sans fin sur cette terre et anéantit les progrès de la civilisation. Les préceptes de Yevon apportèrent quelque réconfort aux habitants terrifiés de Spira, mais l'utilisation des machines fut bannie. La plupart des habitants acceptèrent ainsi de sacrifier le progrès contre unsentiment de sécurité et la civilisation finit par stagner. Les Invokeurs devinrent le seul espoir de Spira, car eux seuls avaient le pouvoir d'arrêter Sin, même temporairement. Le jour où elle devient Invokeur, Yuna, une jeune fille de dix-sept ans, le rencontre. Ce jeune homme prétend venir de Zanarkand, alors que cette ville a été détruite il y a mille ans. En écoutant ses paroles, Yuna comprend que leur rencontre est l'oeuvre du destin. Son père, Braska, a été Invokeur avant elle. Jecht, un homme devenu le gardien de Braska, affirmait lui aussi venir de Zanarkand. Le jour suivant, Yuna et ses gardiens Kimahri, Wakka et Lulu, se lancent dans un long périple dans le but d'anéantir Sin à jamais. Lui aussi décide d'accompagner Yuna et devient rapidement l'un de ses gardiens. D'autres les rejoignent : un homme du nom d'Auron, ancien gardien de Braska, et une jeune Al Bhede nommée Rikku. Le pèlerinage reprend alors son cours. Yuna et ses compagnons traversent de nombreuses épreuves. L'Opération Mi'ihen est lancée afin d'arrêter Sin à l'aide des machines, mais c'est un échec. Seymour Guado, un maître de Yevon, révèle ses projets machiavéliques. Yuna etses gardiens arrivent enfin aux ruines sacrées de Zanarkand. Ils apprennent alors que le seul moyen de vaincre Sin est l'Ultime Chimère. Mais ce que Yuna découvre ensuite est tout autre. Sin ne peut être réellement détruit avec l'Ultime Chimère. Ni maintenant, ni jamais. Cid, le père de Rikku, embarque Yuna et ses amis à bord de son vaisseau. Notre équipe part alors à la recherche d'une autre solution pour vaincre Sin. Après avoir découvert toute la vérité sur Sin et les préceptes de Yevon, Yuna et ses amis réussissent enfin à éliminer Sin. Mais cette victoire entraîne inévitablement sa disparition..Un lourd tribut à payer, mais qui permet à Spira de retrouver la paix et la sérénité qui régnaient avant le régime de terreur de Sin. En se remémorant les nombreux souvenirs de ce voyage, Yuna parle aux habitants de Spira :
"Les personnes et les amis que nous avons perdus ou les rêves qui se sont envolés... Ne les oubliez jamais."

Deux années se sont écoulées depuis la disparition de Sin... Après avoir vaincu Sin et être devenue Grand Invokeur, Yuna est restée sur l'île de Besaid, sa patrie d'enfance. Les jours y défilent avec une certaine monotonie. N'est-ce pas le bonheur simple auquel elle aspirait tant ? Yuna a pourtant le sentiment que quelque chose lui manque. Un jour, Rikku, son ancien gardien, vient sur l'île de Besaid pour lui montrer une mémosphère. L'enregistrement est de lui. Ou peut-être pas... Yuna n'arrive pas à déterminer s'il s'agit bien de lui ou d'une personne qui lui ressemble.
"Partons à la recherche d'autres indices !" s'exclame Rikku.

Si c'est bien lui, Yuna aura peut-être une chance de le revoir. Sinon, elle pourra lui dire adieu à jamais. Quoi qu'il en soit, les réponses à ses doutes pourraient bouleverser toute son existence.

Yuna décide de partir pour un nouveau voyage.